Cyano-Säulen sind im Allgemeinen stärker polar als herkömmliche Alkyl-Kieselgel-Säulen. Aufgrund der Ordnung der funktionellen Gruppen wird die sterische Hinderung für die gelöste Substanz verringert. Die Modifikation ermöglicht auch den Kationenaustausch, der bei neutralem pH-Wert stärker ist als in sauren Bedingungen. Chromolith® CN Säulen eignen sich für die Trennung von Alkaloiden, Ölen, Flavonoiden, Glykolen, Phenolen, Phthalaten, Steroiden und Sulfonamiden.